InnoDBが重い

レコードは100万件ちょいなのだけど、カウントを取るのに10分とかかかる。
InnoDBのカウントは全件なめるから遅いとはいえ、ちょっと遅すぎるような気がする。
それにトランザクション処理でロック取得（select for update）がタイムアウトになる場合がある。
innodb_lock_wait_timeoutの値を増やせばいいか。
それともプログラムの問題もあるのかな。